La chiesetta è stata edificata in ricordo della pestilenza del XVI secolo. Nei documenti d’archivio è definito “oratorio”. Il termine indica che, diversamente dagli altri luoghi di culto definiti “chiese”, era custodito ed amministrato da una “Scola” o “Confraternita”.

1609: il Conte Carlo Borri e il signor G. B. Lampugnano posarono la prima  e la seconda pietra, alla presenza del Prevosto Orsino Spadense.

1646: dagli atti della visita pastorale del Cardinale Monti risulta che l’altare era “…di forme eleganti, separato da transenne in ferro e marmo dal resto della chiesa…”.

1760: dagli  atti della visita del Cardinale Pozzobonelli risulta che l’oratorio di S. Sebastiano “è stato edificato da tempo, abbastanza elegante nelle forme”, affrescato “con stile per niente rozzo” con scene relative al martirio di San Sebastiano.

1880: si sono succeduti vari interventi di manutenzione e/o riparazione, gli ultimi lavori sono stati eseguiti nel 1949 come ricorda una lapide all’interno della chiesa.

1921: il Cav. G. Gagliardi vende al Prevosto Don Pasquale Carnaghi l’arena con l’antica chiesa di San Sebastiano ed il porticato addossato alla chiesa.

1933: viene benedetto il nuovo altare e la chiesa viene aperta al culto.

1949: il pittore Natale Penati (1884 – 1955) esegue due affreschi ai lati dell’altare maggiore relativi al martirio di San Sebastiano. 

La piccola chiesa è arretrata rispetto al ciclo stradale e si affaccia su un modesto slargo. Si tratta di una struttura ad unica navata, con abside semicircolare; la copertura della navata è a botte. Lungo la navata sono state ricavate due cappelle dedicate a San Giuseppe e alla Vergine Maria.

L’edificio è impreziosito da raffinate decorazioni e da affreschi  e statue riproducenti santi. Di particolare interesse sono le scene relative alla vita di San Sebastiano illustrate sulla volta a botte: il ritrovamento del corpo del santo da parte di alcune donne, la condanna a morte decretata da Diocleziano, il santo nella gloria del Paradiso.

La copertura del presbiterio presenta, raffigurati secondo la classica iconografia, i quattro evangelisti; nel catino absidale sono affrescate le tre virtù teologali.

La chiesa era retta dalla “Scola di San Sebastiano”, soppressa nel 1786 dalle leggi eversive di Giuseppe II, venne aggregata, dall’Arcivescovo Filippo Visconti, nel 1791 alla Scola del SS. Sacramento, incorporazione avvenuta solo nel 1802.